На свое заседание от 6 февруари 2010 година върховният орган за управление на БСУ, Настоятелството, въведе нова управленска структура на университета. Тя е в съответствие със структурата на управление на водещите университети в Европа и САЩ. Настоятелството на БСУ избра проф. д-р Петко Чобанов за Президент на Бургаския свободен университет. Подобно на управленските структури на най-добрите висши училища, Президентът на БСУ ще отговаря за цялостната дейност на университета и за стратегията на неговото развитие. Той ще председателства Настоятелството и пряко ще ръководи административната, стопанската и финансовата дейност. 
Президентът ще се подпомага от Ректора на БСУ. Ректорът ще отговаря за академичната дейност – учебната научноизследователската. По предложение на проф. д-р Петко Чобанов Настоятелството избра за Ректор проф. д-р Васил Янков, досегашен зам.-ректор по учебната дейност. Досега проф. Чобанов отговаряше за академичната, административната, финансовата и стопанската дейност в университета. В докладна записка до Настоятелството той обоснова налагащите се промени и необходимостта от разделяне на академичната от останалите дейности. За кратката си история Бургаският свободен университет се превърна в най-голямото висше училище в Югоизточна България, в което се обучават над 7000 студенти, с разностранна академична, научноизследователска и международна дейност. Университетът притежава уникална учебна сграда, пред пускане в експлоатация е модерно общежитие за студенти и преподаватели. Успешното и ефективно управление на такава голяма структура изискват модерни механизми. Затова бе предложен моделът на управление на най-успешните университети. В Бургаския свободен университет продължават изборните процедури. В скоро време новоизбраният Академичен съвет ще избере заместник-ректорите и деканите.
