Три отделения в Бургаската болница получиха трето, най-високо ниво на компетентност при пререгистрацията на болницата от Районния център по здравеопазване. Пререгистрацията се налага във връзка с промени в Закона за лечебните заведения, като най-новото е, че проверяващите трябва да определят нива на компетентност, които да обозначат какви условия, апаратура и кадрова обезпеченост предлагат съответните отделения. Трето, най-високо ниво в Бургаската болница получиха отделенията по реанимация, хирургично отделение и Клинична лаборатория. 
Това ниво принципно се дава единствено на университетските клиники. То означава, че тези три отделения имат компетентност от най-високо ниво – като кадри, апаратура, условия и могат да извършват пълен обем на дейност. Нивото, на което нормално трябва да съответстват областните болници, е второ. Всички останали отделения на МБАЛ-Бургас АД са получили такова при пререгистрацията. След време те ще могат да претендират и за трето ниво. Първо ниво, което е най-ниското, няма нито едно отделение в болницата. На практика това означава, че болницата има необходимия ресурс както от лекари, така и от апаратура да покрива медицинските стандарти и да оказва правилно и качествено лечение на всички пациенти, които потърсят помощта й. В момента отделенията на бургаската болница са 30 на брой. Тя е единствената в региона, която може да окаже медицинска помощ по всички известни направления и специалности. В областта няма друга болница, която има Шокова зала и приемно-диагностичен център и персонал, който да реагира при инциденти и други критични ситуации.
